南投縣司法行政工作最初為臺灣臺中地方檢察署所管轄，至民國七十一年七月設有臨時辦公室，因工商發達訴訟案件增加，經司法院與法務部會商決定，責由臺灣臺中地方法院暨檢察署興建臺灣南投地方法院暨檢察署辦公廳舍，臺灣南投看守所則由臺灣臺中看守所負責興建事宜。

臺灣南投看守所興建工程自八十年六月廿七日發包，同年八月三日開工，在興建小組人員不分寒暑、假日辛勞督工，及南投縣地方人士熱心協助下，八十二年五月整體工程順利完工，歷時一年九個月，於八十三年七月一日正式成立。

民國一百年一月一日起，本所依據「法務部矯正署組織法」改隸於法務部矯正署，機關名稱更改為「法務部矯正署南投看守所」。